После пожара в Казани в 1579 году, уничтожившего часть города,

Десятилетней девочке Матроне, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери. Мать с девочкой обратилась к воеводам и архиепископу Еремею, которые не восприняли информацию, посчитавший, что у них после пожара помутнел рассудок. Мать с девочкой сами отправились на место, которое указывала Богородица девочке. В указанном месте на глубине около метра действительно была найдена икона. Эти события описывал в своих рукописях в 1594г. митрополитом Казанским и Астраханским Ермогеном, в г. Казани. Рукопись хранится в Московском музее.

Вскоре вокруг иконы стали твориться чудеса. Пошел слух, что с помощью образа Пречистой Девы исцеляются неизлечимо больные, прозревают слепые… К ней стекались толпы паломников. Молва о чудотворной иконе распространилась далеко за пределы Казанского края. По заказу из Москвы с иконы сделали список и послали в столицу. Увидев чудотворный образ и познакомившись с историей находки, Иван Грозный повелел соорудить в Казани на месте явления иконы церковь во имя Пресвятой Богородицы и основать при ней девичий монастырь. С этого Указа и начинается более чем четырехвековая история Казанского Богородицкого монастыря, являясь самой богатой поволжской обителью.

Образу приписывают чудеса заступничества. Много славных побед связывали с чудодейственным образом казанской иконы и ее списков: от долгожданного освобождения Москвы ополчением Мимина и Пожарского изгнав поляков из Москвы, когда Русь обрела государственность. Митрофан Воронежский сказал Петру 1, построй город на Неве и внеси в него образ Казанской Божий Матери и пока люд православный будет молиться перед этим образом, нога неприятеля не вступит в город.  В дни стойкости блокадного Ленинграда в Великой Отечественной войне 1941-1945г.г. был совершен крестный ход с образом Казанской божий матери, что бы поднять дух защитников. И по приказу Сталина в 1941г.,  Казанская икона вместе с Владимирской, облетели Москву.

Первоначальные постройки церкви и монастыря были деревянными. В 1595 году сын Ивана Грозного царь Федор Иоаннович повелел построить при монастыре вместо деревянного каменный храм. За долгие годы своего существования Казанский Богородицкий монастырь неоднократно перестраивался, расширялся и обрастал новыми постройками. Центральное место среди них занимал ныне уже не существующий собор Казанской Богоматери — великолепное здание с пятью величавыми главами и тремя коническими портиками. Он был центром уникального архитектурного ансамбля. В его главном иконостасе в специальном киоте находились находились две казанские святыни — две старинные иконы:  по правую сторону от царских врат располагалась Спаситель, а с левой стороны от царских врат Богородица.

Монастырь и Богородицкая церковь были перестроены в 1798 — 1807 годах губернским архитектором Ф. Емельяновым по проекту великого русского зодчего И. Старова (автора проекта Таврического дворца в Петербурге).

Летом 1904 года, когда Казань и вся Россия готовились к очередному празднику обретения иконы Казанской Божьей Матери, было совершено величайшее святотатство. 29 июня икону похитили из летнего храма при Богородицком монастыре. Как выяснилось в ходе следствия, хищение совершил матерый вор и грабитель Чайкин. В тот же день Чайкин и его сообщники изрубили икону и сожгли в печи намоленный образ, а две ризы, обильно украшенные драгоценными камнями (бриллианты, алмазы, жемчуга) поделили между собой. Дело о хищении Казанской чудотворной иконы всколыхнуло всю Россию. Им интересовался императорский двор, поскольку икона считалась покровительницей дома Романовых. Некоторые прорицатели пророчили на этом основании скорую гибель императорской семьи. И в общем оказались недалеки от истины. Вскоре череда войн и революций и вовсе сокрушили империю, а с ней и многовековые религиозные устои.

От иконы остались лишь копии и некоторые драгоценности, украшавшие этот уникальный предмет культа и неповторимое произведение искусства, но подлинный образ казанской Богородицы был навсегда утрачен.

В 1920 году принадлежавшие монастырю земли были конфискованы, а все монастырские строения перешли в собственность государства.

К сожаление монастырский комплекс в его былом великолепии с многочисленными церковными постройками вокруг главного храма, сестринскими корпусами, 55-метровой чудо-колокольней не сохранился, т.к. трагическая учесть большинства культовых сооружений в начале 20в. не миновала и этот комплекс. В 1930-е годы монастырь был разрушен с особой жестокостью.

Новые власти изымали из храмов все ценности, что то подлежало уничтожение, а что то продавалось заграницу. За границей оказался один из многочисленных списков казанской иконы. Поменяв множество владельцев, икона добралась до Греко-католической церкви в Португалии, подчиняющейся Ватикану. К 1000 летию города Папа Римский Иоанн Павел 2 вернул список на месте его обретения. Сейчас много путешествовавший по миру список иконы привлекает паломников со всего мира.